Nikdy jej nehrál na vrcholové úrovni, přesto František Komňacký dosáhl ve světě vrcholového fotbalu výrazných úspěchů. Jako hráč hrál nejvýše divizi, jako trenér však během své bohaté kariéry získal několik trofejí. „Nemůžu říct, že bych byl zvlášť výrazný talent, ale měl jsem něco, co mě předurčovalo k tomu, že jsem byl na hřišti určitým vůdcem nebo šéfem. A možná i to mě nakonec vedlo k tomu, že jsem se stal trenérem,“ říká k tomu.

S trénováním začínal v Kyjově a dlouhá léta působil jako asistent trenéra v Drnovicích. Přes další štace, mezi kterými byl např. 1.FC Synot, se kterým ovládl druhou ligu, nebo Púchov, se kterým poprvé získal slovenský pohár, se dostal až do Baníku Ostrava. Ten dovedl po třiadvaceti letech k mistrovskému titulu.

Ještě většího úspěchu pak dosáhl o dva roky později když dotáhl tým Ružomberoku k zisku domácího „double" a následně prošel s týmem až do třetího předkola nejprestižnější klubové soutěže světa, Ligy mistrů, kde nestačil na CSKA Moskva.

Po krátkém působení v ruském Rostovu se vrátil do české nejvyšší soutěže, kde jako hlavní kouč dovedl jablonecké fotbalisty ke druhému místu v domácím poháru. Se stejným mužstvem pak přidal ještě stříbro a bronz z ligové soutěže. Individuálního ocenění se dočkal v roce 2009, kdy se stal trenérem roku.

Téměř tři roky působil jako asistent trenéra národního mužstva, se kterým dokázal postoupit na evropský šampionát.